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除了此事之外，朱載坖還要做的就是對(duì)于總督和巡撫轄區(qū)以及權(quán)力分配的問(wèn)題，不過(guò)在做這個(gè)事情之前，朱載坖首先要處理的是北方了行政區(qū)劃問(wèn)題，之前朝廷在寧夏和河套地區(qū)，只有都司衛(wèi)所，并沒(méi)有設(shè)立相應(yīng)的地方管理機(jī)構(gòu)，這樣就不利于朝廷開展移民實(shí)邊的行動(dòng)。

朱載坖和內(nèi)閣、練兵軍務(wù)處、吏部、兵部、五軍都督府等衙門會(huì)商之后，決定將原來(lái)的陜西行都司予以拆分，對(duì)于原來(lái)的陜西行都司，部分衛(wèi)所劃歸寧夏，新成立寧夏都司，同時(shí)設(shè)立寧夏布政使司，加司農(nóng)少卿徐貞明為右僉都御史巡撫寧夏，同時(shí)負(fù)責(zé)對(duì)于河套的開發(fā)。

而剩余的衛(wèi)所則和蘭州的府縣新成立甘肅都司和甘肅布政使司，加強(qiáng)朝廷對(duì)于西北的控制，同時(shí)為肅清海虜做好準(zhǔn)備，朱載坖準(zhǔn)備下一步就是收拾這些海虜。

除此之外就是湖廣的問(wèn)題，朱載坖為此專門召集重臣，商量此事，朱載坖召集內(nèi)閣輔臣和吏部、戶部的堂官，商量對(duì)于湖廣進(jìn)行分治的事情，單獨(dú)作為一個(gè)省的湖廣，確實(shí)是過(guò)于大，現(xiàn)在的湖廣，轄有勛陽(yáng)府、德安府、黃州府、漢陽(yáng)府、承天府、武昌府、施州衛(wèi)、荊州府、岳州府、常德府、長(zhǎng)沙府、辰州府、寶慶府、永州府、衡州府、郴州、靖州，比之南直隸地域更大，而且轄區(qū)內(nèi)情況復(fù)雜。

湖廣的勛陽(yáng)府，是有大量北方來(lái)的流民，湖廣的南部，則是有大量的土司，僅僅依靠一個(gè)巡撫，是顯然無(wú)法處理這些事情，所以朱載坖在和重臣們商量了之后決定，以洞庭湖為界，將湖廣析分。

湖廣的北部勛陽(yáng)府、襄陽(yáng)府、德安府、黃州府、荊州府、承天府、漢陽(yáng)府、武昌府和施州衛(wèi)析分設(shè)置湖北布政使司，同時(shí)設(shè)立湖北總兵即原來(lái)的武昌鎮(zhèn)。

而洞庭湖的南部岳州府、常德府、長(zhǎng)沙府、辰州府、寶慶府 、永州府、衡州府、靖州、郴州和保靖州宣慰司析分設(shè)置湖南布政使司，同時(shí)將原本的長(zhǎng)沙鎮(zhèn)改稱湖南總兵，同時(shí)設(shè)立相關(guān)的按察使司等衙門，對(duì)于朱載坖來(lái)說(shuō)，湖南湖北兩個(gè)省要采取不同的管理辦法。

對(duì)于湖北來(lái)說(shuō)，交通方便，而且與南直隸相鄰，重點(diǎn)開發(fā)江漢平原，將江漢平原變成朝廷的糧倉(cāng)，同時(shí)利用長(zhǎng)江水道的運(yùn)輸能力，轉(zhuǎn)運(yùn)糧食。

而湖南則是主要以安定地方，與江西等地加強(qiáng)聯(lián)系為主，朝廷的重點(diǎn)當(dāng)然是在湖北，尤其是江漢平原，所以朱載坖要內(nèi)閣嚴(yán)令湖廣總督勞堪，在湖廣，尤其是湖北厲行清丈田畝和人丁，同時(shí)大力興修水利設(shè)施，使得江漢平原成為大明的新糧倉(cāng)，為了保證江漢平原的糧食產(chǎn)量，朱載坖命令即便是實(shí)行一條鞭法之后，湖北仍舊要征收很高比例的本色，同時(shí)司農(nóng)寺也要在湖北收儲(chǔ)糧食，通過(guò)水路和陸路轉(zhuǎn)運(yùn)。

除了湖廣之外，朱載坖開始正式思考南直隸的問(wèn)題，和湖廣一樣，南直隸也是地域廣大，而且差距極大的地方，蘇松、南京是大明最富庶的地方，而北邊的中都鳳陽(yáng)卻極為貧困，這使得朱載坖早就有了析分南直隸的想法。