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朱載坖和法司官員們的看法明顯不一致，法司官員們是根據(jù)這些人犯的口供認(rèn)為他們主觀上沒(méi)有謀逆的意圖，故而認(rèn)定他們不構(gòu)成謀逆大罪，但是朱載坖認(rèn)為，雖然他們主觀上也許并沒(méi)有謀逆的心思，但是他們把持鄉(xiāng)里，盜賣(mài)漕糧，私藏軍器，同時(shí)與漕幫這樣既有衛(wèi)所軍戶(hù)背景又是江湖幫派社團(tuán)的團(tuán)伙向勾結(jié)，其行為已經(jīng)對(duì)大明朝廷構(gòu)成了威脅，所以必須以謀逆論處。

同時(shí)對(duì)于他們的量刑問(wèn)題，法司從斬立決、絞立決、斬監(jiān)候、絞監(jiān)候到流、徒等刑擬定了詳細(xì)的判罰，不過(guò)朱載坖認(rèn)為這樣的判罰太過(guò)于復(fù)雜了，而且對(duì)于涉案官吏的懲處不夠嚴(yán)厲，朱載坖召集內(nèi)閣和部院大臣們商量之后，決定對(duì)于這些涉案人員予以分門(mén)別類(lèi)的處理。

第一類(lèi)，涉案的豪強(qiáng)士紳們，首先一律抄沒(méi)家產(chǎn)，三族流放緬甸或河套，對(duì)于直接參與制造天妃閘覆船案和徐州水次倉(cāng)失火案的，一律斬立決，在地方有欺男霸女，兼并土地，民憤極大的，也一律斬立決。

第二類(lèi)，就是涉案的官吏，涉案的官吏分為兩部分，第一部分就是直接參與兩案或者說(shuō)幫助這些豪強(qiáng)們毀滅證據(jù)的官吏，不問(wèn)情節(jié)，不分輕重，一律斬立決，端朱家的碗，砸朱家的鍋，這種人是絕對(duì)不能容忍的，不僅要斬立決，抄沒(méi)家產(chǎn)，還要將三族流放緬甸、哈密等處，第二部分是平時(shí)接受這些豪強(qiáng)賄賂，為他們盜賣(mài)漕糧、販運(yùn)私鹽等大開(kāi)方便之門(mén)的官吏，依照其受賄或者給朝廷造成的損失，按律嚴(yán)懲，同時(shí)將其中情節(jié)嚴(yán)重者妻子流放緬甸、哈密，情節(jié)一般者，舉家流放大寧、遼東、河套等處。

第三類(lèi)就是漕幫的這些所謂好老、頭目，對(duì)于他們朱載坖可就沒(méi)有這么客氣了，官員們也認(rèn)為應(yīng)當(dāng)予以嚴(yán)懲，首先是朝廷正式下達(dá)命令，將漕幫列入逆黨之列，與白蓮教享受一樣的待遇，嚴(yán)令地方官府和錦衣親軍打擊漕幫，對(duì)于其中的頭目和骨干分子，一律予以正法，積極參與的，舉家流放緬甸，同時(shí)以詔令的形式重申不準(zhǔn)擅結(jié)幫會(huì)，以武犯禁，違者弊嚴(yán)懲不貸。

經(jīng)三法司上奏，朱載坖御批之后的處理辦法以急遞的形式送達(dá)欽差浙直觀察使嚴(yán)世蕃的手中，嚴(yán)世蕃也立即行動(dòng)起來(lái)，該殺的殺，該流放的予以流放。

同時(shí)太子朱翊釴上奏，認(rèn)為朝廷在此案中抄沒(méi)的大量的土地，與其如沒(méi)為官田，收一些田租，不如將這些土地出售給無(wú)地的百姓和佃戶(hù)，變無(wú)地之流民為有產(chǎn)之良民，擴(kuò)大朝廷的稅源，朱翊釴的上疏得到了內(nèi)閣和部院的支持，朱載坖隨即下詔，責(zé)成太子朱翊釴負(fù)責(zé)辦理此事，會(huì)同少府監(jiān)、戶(hù)部、東南地方官府等一起辦理，務(wù)必使百姓得到實(shí)惠。