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朱載坖隨即問閣臣們認為此事應(yīng)當如何處理，內(nèi)閣也認為張居正既然督師南京，此案還與華家的逆案有關(guān)聯(lián)，就應(yīng)該由張居正將本案一并審理。

朱載坖于是同意了內(nèi)閣的意見，不過朱載坖仔細翻閱了張居正和嚴紹庭的奏疏之后，說道：“無錫縣這個什么東林學舍，朕看是包庇逆黨，扇惑人心，令張居正嚴令地方州府將其鏟除，不準再興建類似的書院?！?

朱載坖對于東林這兩個字都比較敏感，干脆先下手為強將其鏟除，免生后患，同時朱載坖以上諭的形式向張居正下令，嚴究此案，絕不姑息。同時朱載坖指令張居正與嚴紹庭、劉忠一道審理本案。

而在南京的張居正此事也承擔著巨大的壓力，南京都察院的御史們已經(jīng)準備彈劾張居正，南京六部的官員們紛紛前來請求張居正對這些士子從輕處理，但是張居正根本不為所動。

嚴紹庭將華家的罪證以及華察解到南京之后，張居正隨即下令審理此案，為了表示公正，南京刑部、南京都察院也派人旁聽本案，張居正下令將華察解到督師行轅，親自問訊。

面對嚴紹庭從華家起獲的金磚、軍器等物，華察辯解稱，金磚是家中下人采購的，自己并不知情，而且金磚的形制與內(nèi)廷所用并不一樣，不能管算作違制，至于軍器，則是為防備倭寇而購買打造了。

張居正對于華察的辯解并不認可，張居正認為，金磚乃是內(nèi)廷所用，無論形制如何，非敕造不準用，只要使用就是違制，這點毋庸置疑，華察的辯解不能成立。

而華家所擁有的軍器數(shù)量龐大，也遠遠超過了防備倭寇所需要的限度，何況現(xiàn)在倭寇已經(jīng)平息，華家還擁有這么多家丁和武器，其心殊不可問。

華察很清楚，張居正就是要辦華家，以報之前華家羞辱之仇，華察再次辯解稱，無錫緊鄰太湖，湖匪甚多，華府造園之事，傳遍鵝湖四周，也招來強盜多次搶劫，華父還差點當了人質(zhì)，于是，華察便組織家兵守衛(wèi)。這些軍器，都是為了保護華家而準備的。

張閣老表示，好家伙，你還豢養(yǎng)私兵，陰圖不軌，反心已經(jīng)昭然若揭了?。埦诱S即以華察擅用上供之物、私藏違禁軍器、豢養(yǎng)私兵陰圖謀逆三條大罪上奏朱載坖，請求圣裁。

張居正的奏疏還沒有到京師，各路御史彈劾張居正的奏疏就已經(jīng)到了京師，朱載坖對這些奏疏一律不予理會，全部留中不發(fā)，對于其中言辭激烈的，還予以調(diào)外任、罰俸的處罰。朱載坖用實際行動表達了自己對于張居正的支持。

等到張居正的奏疏抵達，朱載坖第一時間召集內(nèi)閣、三法司商議此案怎么處理，按照張居正的審理結(jié)果，將華家抄家滅族都是輕的，但是其實在場的諸人都知道，現(xiàn)在的證據(jù)實在是有些牽強，刑部尚書黃光昇說道：“陛下，華察擅用上供物罪證確鑿，私藏違禁軍器和豢養(yǎng)家丁也確有其事，但是以此推定其有謀反之意，尚顯不足。”