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抓捕士子，這在大明是很少見的事情，大明一向?qū)τ谶@些士子們極為優(yōu)待，只要是個(gè)秀才，就擁有見官不跪的權(quán)力，即便是州縣正印，也拿他們沒有辦法，因?yàn)榫退闶切悴牛菘h正印想要褫奪他們的功名都得先行文學(xué)政衙門再說，再加上這幫士子們背后還都有士紳們撐腰，州縣官司還真不好管他們。

他們就更加的有恃無恐，不把朝廷官府當(dāng)回事，尤其是在東南就更是如此，他們根本不怕朝廷的官府，朝廷在這里的存在感本就不強(qiáng)，地方官府就更加弱勢(shì)了，這些士子們久而久之對(duì)于朝廷法度，官府威嚴(yán)根本沒有任何敬畏之心。他們認(rèn)為張居正抓捕士子是在挑釁他們。

面對(duì)張居正動(dòng)用督師標(biāo)營(yíng)抓捕鬧事的士子，他們更加激烈的反抗，甚至有人借機(jī)鬧事，打砸商鋪，這下張居正可沒有慣著他們，隨即以生員作亂為由下令南京戒嚴(yán)，更加大規(guī)模的抓捕鬧事的生員，同時(shí)張居正借機(jī)派遣官軍進(jìn)駐各個(gè)書院，強(qiáng)勢(shì)先將南京各書院接管了。

面對(duì)張居正的強(qiáng)勢(shì)，士紳們這才驚訝的發(fā)現(xiàn)自己之前的能夠威脅張居正的手段都沒有任何作用，張居正根本不把什么士林清議當(dāng)回事情，張居正直接動(dòng)用官軍對(duì)付這幫生員，而且張居正動(dòng)用的不是東南的官軍，而是自己從京師帶來的督師標(biāo)營(yíng)。

吳惟忠部雖然也是浙兵出身，但是在北直隸幾經(jīng)整補(bǔ)，向吳惟忠部補(bǔ)充了大量的北方兵員，現(xiàn)在的吳惟忠部，雖然其中的一些軍官還是浙江人，但是其中有大量的薊鎮(zhèn)軍官，他們和浙直的士紳們沒有任何關(guān)系，也不怕什么士子生員，在北方，士紳們可不敢有這么大的膽子。

張居正正是依靠著這六千督師標(biāo)營(yíng)，將整個(gè)南京城內(nèi)的書院和士子們給收拾了，隨后張居正傳檄浙直總兵俞大猷，要求浙直總兵俞大猷提兵防備，嚴(yán)防各地造反作亂。

而做完這些之后，張居正一面上疏朱載坖，將南京的事情定性為內(nèi)亂的十惡大罪，要求朱載坖派遣欽差嚴(yán)查此案，同時(shí)據(jù)南京錦衣衛(wèi)獲取的口供，華家也有子弟參與了南京的內(nèi)亂，張居正隨即下令在無錫縣的掌南京錦衣衛(wèi)事嚴(yán)紹庭，查抄華家，獲取證據(jù)，同時(shí)傳檄浙直總兵俞大猷派兵協(xié)助嚴(yán)紹庭，防止有人襲擊錦衣衛(wèi)并且毀滅證據(jù)。

收到張居正的命令之后，嚴(yán)紹庭隨即指揮錦衣校尉查抄華家，收到消息的士子們當(dāng)然不肯，和錦衣衛(wèi)發(fā)生了沖突，嚴(yán)紹庭隨即下令將帶頭鬧事的士子當(dāng)場(chǎng)格殺，才震懾了這幫士子。

錦衣衛(wèi)從華察的莊園之內(nèi)確實(shí)發(fā)現(xiàn)了蘇州御窯廠的金磚，還有大量的軍器等物，這兩件事單獨(dú)出現(xiàn)問題都不是很大，現(xiàn)在蘇松本地的富商大戶，違規(guī)使用金磚的多了去了，只要肯出錢，這些都不是事情，擁有一些武器，在大明也不算什么事情，富戶為了保護(hù)自家的莊園財(cái)產(chǎn)，有一些家丁護(hù)院，這在大明不足為奇，雖然不合法，但是一般官府也不會(huì)上綱上線。

但是這兩件事情一起出現(xiàn)，違制使用金磚和擁有大量軍器，再加上又是錦衣衛(wèi)來辦的此案，華家這次已經(jīng)是在劫難逃了，取得這些物證之后，嚴(yán)紹庭在無錫縣令和常州知府的見證下將一應(yīng)人犯物證存案，押解南京。

朱載坖收到張居正的奏疏之中，當(dāng)即召集廷議，內(nèi)閣、六部、都察院、大理寺、通政司的主官們悉數(shù)參加，就張居正上奏的事情商量，首先朱載坖將張居正的奏疏給重臣們傳閱。

朱載坖說道：“南京逆案，令朕寢食難安，國(guó)朝留都，竟發(fā)生這樣的逆案，朕以何面目去見列祖列宗啊！南京爛了，朕心要碎了。祖宗把江山交到朕的手里，卻搞成了這個(gè)樣子，朕是痛心疾首。朕有罪于國(guó)家，愧對(duì)祖宗，愧對(duì)天地，朕恨不得自己罷免了自己！”