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還有就是沿途駐蹕的行宮問題，如果是朱載坖一人出巡的話，大可以輕車簡從而行，但是這次是奉請皇太后，皇后也隨行，自然是要沿途駐蹕，設(shè)置行宮了。南巡人數(shù)多、規(guī)模大，每日行程之后都需擇地停留休息，除了駐蹕御舟之上之外，還是要在沿途的大城市駐蹕的。

同時這次南巡隨行的官員、護衛(wèi)官軍眾多，肯定是要設(shè)置行營的，朱載坖要求沿途官府考察行營設(shè)立的位置，行營的地理位置一般選擇平坦、開闊、干燥的地方。朱載坖特地下旨：至修墊營尖各盤，務擇寬展平坦地面，或遇窄洼泥濘之處必須修墊者，將修處先期報部， 遇有山嘴石岡必須開鑿，或沙塍平坡應加刨掘者，先行核報。

同時就是行程的規(guī)劃了，對于奉請皇太后南巡這樣的重要的事情，朱載坖當然是要詳細規(guī)劃行程，保證萬無一失的。根據(jù)規(guī)劃，圣駕于二月九日啟程，車駕離開京師，至三月十九日抵達南京應天府。圣駕啟程，首先抵達通州，在通州換乘御舟，后沿大運河一路南下，航經(jīng)濟寧、徐州、淮安、揚州，從揚州渡過長江，抵達南京。

此外就是護駕官軍和隨扈臣子的選擇了，在朱載坖命令他，總督河漕潘季馴先行巡視河道，各府州縣衙門也要查看自己轄區(qū)內(nèi)的河道，加以整修。

同時遣英國公張溶、豐城侯李寰、襄城伯李應臣為先導官，統(tǒng)帥前鋒在前開路，總督京營臨淮侯李庭竹為御營總兵，統(tǒng)帥神機營、五軍營各一部，護衛(wèi)外圍，三千營參將李如松充御營副總兵，統(tǒng)帥精騎隨扈，府軍前衛(wèi)和金吾衛(wèi)隨行，領(lǐng)侍衛(wèi)內(nèi)大臣嚴紹庭統(tǒng)帥勛衛(wèi)河侍衛(wèi)處侍衛(wèi)負責宿衛(wèi)行宮等貼身護衛(wèi)，錦衣親軍都指揮使陸繹率領(lǐng)錦衣親軍精銳隨扈。

內(nèi)閣中次輔張居正、閣臣陳以勤、郭樸隨行，吏部尚書楊博、兵部尚書霍冀、工部尚書朱衡、右都御史海瑞隨行，順寧侯、提督國子武學俞大猷和蘿川侯、協(xié)理國子武學馬芳在圣駕離京之后，由俞大猷暫代總督京營，馬芳暫代京衛(wèi)都指揮使，掌管留在京師的京營和親軍諸衛(wèi)。

首輔高拱和內(nèi)閣呂調(diào)陽留守京師，太子朱翊釴監(jiān)國，負責處理日常政務，有軍國大事，報朱載坖處理。

安排完了這些，朱載坖讓李皇后準備南巡要準備的器物等，而大明官軍在李如松和劉漢的率領(lǐng)下，也來到寬甸六堡，女真諸部也早就得到了總督薊遼汪道昆的指令，王兀堂、王臺、尼堪外蘭等女真大酋長都率領(lǐng)自己的部眾前來，與官軍匯合之后，劉漢、李如松率領(lǐng)二萬余官軍和女真人的聯(lián)軍，沿著鴨綠江巡邊，同時震懾朝鮮人。

官軍的舉動顯然使得朝鮮極為驚訝，朝鮮沿邊的平安、咸吉道朝鮮駐軍緊密觀察著官軍的動向，而新上任的禮部左侍郎兼理藩院左侍郎署院事茅坤也走馬上任。