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朱載坖認為，不僅要重懲這些涉案官吏，追繳贓物贓款，更重要的是要建立一套完整的倉儲管理系統(tǒng)，就倉儲管理而言，兩宋的制度是最為完備的，朱載坖認為，取法于兩宋，在大明建立起完備的倉儲管理制度，不僅是朝廷的銀庫、軍儲、軍需、軍械軍器等倉庫，更加重要的是要對于應急備荒的倉庫建設。

大明的荒政一向很爛，一旦發(fā)生大的災荒，朝廷除了減免賦稅、撥銀賑濟之外基本上沒有任何辦法，但是其實災區(qū)最需要的是大量的糧食、藥品等物，同時需要朝廷組織災民恢復生產(chǎn)自救，這些都是朝廷和地方官府需要做的，但是由于大明地方缺乏倉儲，導致荒政無法推行，朱載坖要借由重建倉儲體統(tǒng)，重振大明的荒政。

朱載坖要求內(nèi)閣與吏部、戶部、都察院等商量出一個完整的倉儲系統(tǒng)，從地方到朝廷中樞，以備邊應急為倉儲建立的主要目的。

當初，此次倉儲發(fā)生的弊案也是朱載坖要嚴懲的地方，朱載坖命令都察院、戶部詳細計算各倉的損失，嚴厲征繳贓物，同時將大批倒賣朝廷物資的奸商予以抄沒，除了主犯正法之外，舉家流放緬甸、哈密和遼東，充實當?shù)氐娜丝?，加強朝廷對于這些地方的控制。

在陸繹和馮保的指揮下，廠衛(wèi)在京師抓捕案犯，抄沒家產(chǎn)，不管是錦衣校尉還是東廠番子，都發(fā)了一筆橫財，對于這些事情，朱載坖當然是心知肚明的，但是朱載坖很清楚，要給這些人一點甜頭，否則的話廠衛(wèi)怎么是天子鷹犬呢？

對于廠衛(wèi)做大，朱載坖到?jīng)]有這個擔心，現(xiàn)在的廠衛(wèi)已經(jīng)不是嘉靖年間那么和諧了，馮保想要重振東廠的聲望，陸繹也要重振錦衣親軍在陸炳時的威風，東廠和錦衣親軍像兩只斗雞一樣，這幾天朱載坖就收到了不少東廠密報錦衣校尉在抄家過程中私吞財產(chǎn)的事情，陸繹也向朱載坖奏報東廠買放嫌犯的事情，朱載坖沒有讓他們來處理，而是命令領侍衛(wèi)內(nèi)大臣嚴紹庭督率親軍諸衛(wèi)將這些嫌犯抓獲，同時對一些私吞案犯財產(chǎn)數(shù)額大的錦衣親軍軍官，由親軍拿捕，直接送衛(wèi)尉寺嚴辦。

朱載坖的行為很清楚，就是告訴馮保和陸繹，除了廠衛(wèi)之外，朱載坖還有其他的眼睛盯著他們呢，朱載坖命令嚴紹庭提督五城兵馬司，也確實由這個意思，五城兵馬司是大明在南北兩京設立的專司負責治安的機構(gòu)，五城兵馬司的職能是：巡捕盜賊，疏理街道溝渠及囚犯、火禁之事。凡京城內(nèi)外，各畫境而分領之，境內(nèi)有游民、 奸民，則逮治。若車駕親郊，則率夫里供事。

看起來五城兵馬司干的活都是一些雜活，說實話，五城兵馬司在京師各衙門中的地位也確實是不高，不是是都察院的巡城御史、順天府這樣的該管衙門，還有廠衛(wèi)、兵部這樣的實權(quán)衙門，反正都能指使一下五城兵馬司，但是正是因為五城兵馬司在底層，使得他們的耳目頗為靈動，不管是京師地面上的大事小情，還是各種消息，五城兵馬司打探的速度并不比廠衛(wèi)慢。

朱載坖所以將五城兵馬司劃歸嚴紹庭指揮，同時將京營、親軍諸衛(wèi)中的退伍老卒安排補充進五城兵馬司里面，加強五城兵馬司的戰(zhàn)斗力，還撥給五城兵馬司一些軍中不用的火銃，對京師地面加以偵查，加強對于京師的控制。