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同時(shí)，細(xì)分內(nèi)官監(jiān)和軍器監(jiān)的職能，軍器的研發(fā)和生產(chǎn)都?xì)w軍器監(jiān)，由嚴(yán)世蕃以工部尚書掌軍器監(jiān)事，而機(jī)械的研發(fā)和制造則仍舊歸屬于內(nèi)官監(jiān)和文思院，同時(shí)朱載坖命令，從軍器監(jiān)、內(nèi)官監(jiān)中挑選有研制軍器、機(jī)械經(jīng)驗(yàn)和識(shí)字的工匠，進(jìn)入文思院中，負(fù)責(zé)直接研制朱載坖交辦的軍器和機(jī)械。

令鄭王世子朱載堉以宗正領(lǐng)文思院使，負(fù)責(zé)研制和科技事務(wù)，同時(shí)命令成立機(jī)械學(xué)堂，以鄭王世子朱載堉為祭酒，專門負(fù)責(zé)培養(yǎng)精通機(jī)械研制的人才，同時(shí)下詔，能夠向朝廷進(jìn)獻(xiàn)新式軍器、機(jī)械和有其他科技成果的，朝廷不吝官爵之賞，由鄭王世子朱載堉負(fù)責(zé)接收，軍器則由大將們統(tǒng)一考察之后得出結(jié)論。

不過大臣們都不看好機(jī)械學(xué)堂的招生，畢竟哪怕是學(xué)算學(xué)，也可以通過吏員的考選成為官員，而學(xué)機(jī)械能夠干什么？不能當(dāng)官對于百姓的吸引力就小了不少，朱載坖表示，為什么不能當(dāng)官，機(jī)械學(xué)院學(xué)成畢業(yè)的，可以當(dāng)官，而且是可以到軍器監(jiān)、文思院、內(nèi)官監(jiān)下屬的工場當(dāng)官，而且畢業(yè)就當(dāng)官，考入就給九品俸祿，朱載坖就是要刺激大明的百姓去學(xué)機(jī)械。

朱載坖很清楚，子曰詩云是干不過堅(jiān)船利炮的，現(xiàn)在大明就是要爭取先發(fā)，以大明現(xiàn)在的體量和國力，哪怕只有一點(diǎn)點(diǎn)的改變，對于大明來說都是極為有利的。

除了建立機(jī)械學(xué)院以外，朱載坖還下詔要求百官推薦精通機(jī)械、軍器人才，朱載坖量才給官。

除此之外，朱載坖還將原來分散在各個(gè)各個(gè)工場之中負(fù)責(zé)制造機(jī)械、機(jī)床的工匠集中到一起，成立大明機(jī)器制造總局，專門負(fù)責(zé)各種機(jī)械、機(jī)床的制造。受內(nèi)官監(jiān)和文思院的管理，負(fù)責(zé)為大明研制和生產(chǎn)各種機(jī)械、機(jī)床。

朱載坖同時(shí)命令在天津、河間、遵化、唐山等地，為這些工匠興建房屋，分配給工匠居住，所需要的錢財(cái)從內(nèi)承運(yùn)庫出。

除了應(yīng)對北虜和軍器生產(chǎn)上的大調(diào)整之外，對于軍務(wù)，朱載坖下一步的要點(diǎn)主要是在水師上，天津等地的造船廠要為官軍水師制造大噸位的戰(zhàn)艦，主要是加強(qiáng)北洋和南洋兩支水師，南洋水師負(fù)責(zé)防備佛郎機(jī)，保障大明東南海疆，而北洋水師主要負(fù)責(zé)拱衛(wèi)京師，為日后的征倭做準(zhǔn)備。

俞咨皋已經(jīng)率領(lǐng)南洋水師出海歷練了，北洋水師也要?jiǎng)悠饋恚燧d坖命令北洋水師提督陳璘，統(tǒng)帥水師，出海剿除倭寇，熟悉航路，主要就是熟悉從天津往遼東經(jīng)朝鮮到倭國的航線，同時(shí)巡行對馬海霞，震懾倭國。

朱載坖倒也不是無的放矢，織田信長現(xiàn)在是志得意滿，有些不知道天高地厚了，由于朱載坖已經(jīng)和尼德蘭結(jié)盟了，所以紅夷斷絕了和倭國的貿(mào)易，而佛郎機(jī)對于倭國的市場并不關(guān)注，現(xiàn)在王直已經(jīng)壟斷了大明和倭國的貿(mào)易，向倭國大量傾銷大明的布匹和絲綢，同時(shí)將倭國的大量生絲運(yùn)回國內(nèi)，在蘇松等地紡織成絲綢用于銷售。