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朱載坖對(duì)于王祖嫡的上疏顯然是極為憤怒的，對(duì)于朱載坖來說，王祖嫡這種上疏當(dāng)然是要嚴(yán)厲懲處的，在朱載坖要求在京師的大臣們批駁王祖嫡的奏疏之后，隨后朱載坖就要求議罪了。

海瑞連上三疏，要求將王祖嫡下三法司，朱載坖當(dāng)然明白海瑞的意思，隨后就同意了海瑞的的申請(qǐng)，將王祖嫡收系于都察院獄，海瑞隨后上疏，要求三法司會(huì)審?fù)踝娴?，議罪判處。

海瑞的意思是盡快的將此事按下去，免得此事繼續(xù)發(fā)酵，海瑞當(dāng)然是一片誠心，不過朱載坖顯然是要借機(jī)大做文章的，就是要打擊這些對(duì)建文君臣仍然抱有同情的人，朱載坖知道現(xiàn)在士林之中很有一股同情建文君臣的風(fēng)潮，甚至試圖為建文君臣翻案。

他們主要是仁宗當(dāng)年一道上諭，仁宗當(dāng)時(shí)主要是認(rèn)為建文逆犯都已經(jīng)伏法，所有的正犯都正法了，現(xiàn)在時(shí)過境遷，仍然有大量的人被牽連流放，這些人中很多并沒有參與齊泰、黃子澄等逆犯的謀逆行為，仁宗認(rèn)為將這些人仍舊流放，實(shí)在是過于殘酷了，所以下了一道詔書，要求加恩于他們。

仁宗的詔書原文是：“朕聞建文奸臣齊、黃等外親全家謫戍邊者，有田在鄉(xiāng)悉荒廢。令兵部每家存一丁于戍所，余放歸為民?！?

同時(shí)仁宗也專門解釋過自己為什么這么做，仁宗認(rèn)為，建文朝的‘奸臣’正犯早就給殺光了，其女家眷們被弄到教坊司去做妓女，男性被發(fā)配給軍中功臣武將當(dāng)奴隸，好多人都被折磨而死，現(xiàn)在要是還有存活下來的，朕登基即位詔中已經(jīng)宣布大赦天下了，他們也應(yīng)該被赦免寬宥。

所以本質(zhì)是仁宗的詔書是赦罪而非翻案詔書，但是卻被某些別有用心的人宣傳為翻案，并且以此為由大肆宣傳所謂仁宗為建文舊臣翻案，其實(shí)用腦子想想就知道，仁宗可是親身參與靖難之役的人，怎么可能為齊泰、黃子澄等人翻案，只不過時(shí)過境遷，當(dāng)年的那些罪臣早就被成祖處置干凈了。

到了仁宗時(shí)，剩下的不過是旁系后輩，根本掀不起什么大浪來了，所以仁宗才予以赦免的，朱載坖認(rèn)為現(xiàn)在還打著什么仁宗為方孝孺后代翻案的說法，那就是矯詔，對(duì)仁宗本意的曲解，要予以嚴(yán)懲。

朱載坖并沒有立即處置王祖嫡，只是令三法司會(huì)審?fù)踝娴?，看他們審出個(gè)什么東西，而朱載坖則是與內(nèi)閣、禮部、翰林院商議，加強(qiáng)對(duì)于大明出版的管理，禮部要設(shè)立專門衙門，與地方官府一道，負(fù)責(zé)對(duì)于出版印刷予以管理，凡事出版違禁文字的，不僅作者以謀逆論處，連出版商、刻字工等一律連坐，嚴(yán)懲不待，當(dāng)然也要加強(qiáng)對(duì)于版權(quán)的保護(hù)，不準(zhǔn)隨意盜版。

尤其是事涉靖難、成祖等大明歷史上的敏感事件的，凡是與朝廷表述不一致的，一律予以毀禁，不允許在市面上流傳。而三法司針對(duì)王祖嫡的審理結(jié)果也送到朱載坖的案頭。

三法司經(jīng)過會(huì)審之后，認(rèn)為王祖嫡出位妄言，謗訕君上，應(yīng)當(dāng)予以罷官奪職，并且流三千里的處罰。看似對(duì)于他的處理不可謂不重了，但是朱載坖很清楚，這種處罰只不過是高高舉起，輕輕放下罷了，只要這些官員們的功名還在，起復(fù)就不是問題，就當(dāng)出去旅游罷了。

朱載坖認(rèn)為這樣他們太舒服了，對(duì)于這些官員們，罵了皇帝或者是說是因?yàn)樯鲜柩允卤毁H謫，似乎是一件極為榮耀的事情，尤其是從正德、嘉靖以來，科道言官對(duì)于皇帝、內(nèi)閣的決定一向是必以為反才行，仿佛不跟皇帝作對(duì)就不是直臣一樣了。