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面對(duì)馬芳等人的上疏，朱載坖當(dāng)即予以御批同意，命令蘿川侯馬芳整頓宣大山西等處的京操班軍，哈密伯李成梁負(fù)責(zé)整頓遼東、大寧等處的京操班軍，順寧侯俞大猷負(fù)責(zé)整頓其余地方來(lái)的京操班軍。

同時(shí)命令錦衣親軍都指揮使左都督陸繹、衛(wèi)尉卿趙錦、總督京營(yíng)戎政臨淮侯李庭竹、京衛(wèi)都指揮使嚴(yán)紹庭統(tǒng)帥錦衣親軍、京營(yíng)、親軍諸衛(wèi)彈壓京操士卒，整肅軍紀(jì)。

最先安定下來(lái)的是宣大山西和大寧遼東的京操士卒，馬芳、李成梁都是在軍中威名素著的老將，這些地方的官軍士卒也都對(duì)他們極為敬服，所以在他們兩人趕赴軍營(yíng)之后，很快就安定了下來(lái)，馬芳、李成梁也都是老將了，該怎么處理這種事情也不用朱載坖教，當(dāng)即將挑頭鬧事的士卒抓出來(lái)砍了，以儆效尤。

而俞大猷這邊就相對(duì)不那么好處理了，雖然俞大猷也是國(guó)朝名將，但是這些從地方都司來(lái)的士卒根本不認(rèn)識(shí)俞大猷是誰(shuí)，至于其中的一些世襲衛(wèi)所軍官，也大多無(wú)法控制部隊(duì)，只要大兵彈壓才行，在錦衣親軍、京營(yíng)和親軍諸衛(wèi)的包圍下，這些沒(méi)有武器的士卒們開(kāi)始慌亂了起來(lái)。

不過(guò)俞大猷處理這些事情是很駕輕就熟的，當(dāng)即命令錦衣親軍向他們喊話，打開(kāi)營(yíng)門(mén)，安靜待好，自然無(wú)事，然后大批的京營(yíng)和親軍諸衛(wèi)士卒們進(jìn)入各營(yíng)，將這些士卒們趕回自己的營(yíng)房中去，隨后錦衣親軍和衛(wèi)尉寺就開(kāi)始調(diào)查起來(lái)了。

原因其實(shí)也很簡(jiǎn)單，這些士卒們到了京師，雖然朝廷供給衣食，但是京師是不準(zhǔn)外兵進(jìn)入的，必須要有旨意才行，班操京軍也不例外，所以京營(yíng)派遣了士卒看守班操京軍的營(yíng)房，就是不準(zhǔn)這些軍士跑到京師去，但是這些軍士吃飽了，當(dāng)然是想出去看看的，于是就和看守營(yíng)房的士卒發(fā)生了沖突。

看守班操京軍的京營(yíng)千戶趕緊以班操士卒嘩變上奏，事情其實(shí)遠(yuǎn)沒(méi)有那么嚴(yán)重，雖然這事實(shí)際上兵部嚴(yán)重，但是引起的政治風(fēng)波是極為嚴(yán)重的，很多官員紛紛上疏，認(rèn)為這些丘八不可信任，兵驕難制，大規(guī)模訓(xùn)練班操京軍不太現(xiàn)實(shí)，這些還算是比較理智的。

已經(jīng)有不少人將矛頭直接指向了練兵軍務(wù)處，他們認(rèn)為，正式練兵軍務(wù)處提出的訓(xùn)練班操京軍，才導(dǎo)致了這種事情的發(fā)生，之前由內(nèi)閣、兵部管理軍務(wù)的時(shí)候，并沒(méi)有出現(xiàn)這種事情，而練兵軍務(wù)處負(fù)責(zé)軍務(wù)之后，竟然出現(xiàn)了都門(mén)兵變這樣惡劣的事情，可見(jiàn)練兵軍務(wù)處根本無(wú)助于軍務(wù)，反而會(huì)壞事，他們請(qǐng)求朱載坖撤銷練兵軍務(wù)處，將權(quán)力還歸內(nèi)閣和兵部。

朱載坖隨即下詔，解釋了此事，首先并不存在什么嘩變、兵變這些事情，不過(guò)是一些士卒干犯軍法，朱載坖已經(jīng)遣人處置了，至于訓(xùn)練京操官軍的事情，出自朱載坖本人之意，并非其他人的建議，練兵軍務(wù)處只不過(guò)是執(zhí)行朱載坖的旨意罷了。