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和重臣們商量完了之后，朱載坖正式昭告天下，明年南巡南京，祭祀孝陵，這一舉動無疑激起了巨浪，很多官員紛紛上疏，要求朱載坖不要南巡，列舉了很多的原因，請求朱載坖不要南巡，但是朱載坖都是置之不理。

甚至有些官員上疏稱：有人言，神龍不可以失所，人主不可以輕行，故八駿游而周替驪山，幸而秦亡。夏之太康，隋之煬帝皆以棄離宮闕，遠(yuǎn)事巡行卒致。禍敗興亡之跡，可為殷鑒。

就差指著朱載坖的鼻子罵了，把朱載坖比作隋煬帝這樣的亡國之君，朱載坖也不慣著他們，該貶官的貶官，該申斥的申斥，反正朱載坖南巡的心意已決，誰說都沒有用，盡管在南京的張居正也向朱載坖上疏，說南京宮殿陳舊，要維修起來十分麻煩，建議朱載坖緩一緩。

但是朱載坖依舊沒有同意，下旨給張居正，將南京宮殿修整一兩處可以居住就行，其余的不必大動，朱載坖當(dāng)然知道，雖然朝廷每年也在撥款維修南京宮殿，但是無論是南京工部還是南京內(nèi)守備太監(jiān)，他們都認(rèn)為皇帝遠(yuǎn)在京師，不可能到南京來的，所以朝廷撥的維護(hù)宮殿的銀子，大部分都進(jìn)了他們私人的腰包。

現(xiàn)在朱載坖要巡幸南京，他們害怕事情暴露，肯定會極力阻止朱載坖南巡的，朱載坖也通過密旨明確要求張居正告知他們，朱載坖對于追究之前的陳年舊事沒有任何興趣，只要修復(fù)部分宮殿，足夠居住就行了。

在朱載坖的指示下，戶部、兵部、五軍都督府開始南巡的準(zhǔn)備工作了，經(jīng)過戶部尚書馬森的提請，朱載坖準(zhǔn)允以濟(jì)寧為界，濟(jì)寧以北的州縣，從藩庫中撥出錢糧供應(yīng)隨駕護(hù)衛(wèi)官軍，然后從隆慶三年的起運(yùn)錢糧中扣除，濟(jì)寧以南的州縣，運(yùn)河解凍之后，將東南解運(yùn)的本色田賦在沿路留下部分，以供隨駕官軍使用。

同時命令總督河漕都御史潘季馴巡察運(yùn)河，查漏補(bǔ)缺，防止出現(xiàn)意外，都察院會同工部派出巡河御史和管河郎中巡視運(yùn)河，同時內(nèi)官監(jiān)和工部打造、修理龍舟，準(zhǔn)備出巡的車駕等物，兵部開始調(diào)集護(hù)衛(wèi)官軍。

同時兵部嚴(yán)令地方州縣及按察使、鎮(zhèn)守總兵官等，要掃除沿路的土匪、流寇等一切不法之徒，嚴(yán)防驚擾圣駕。

朱載坖則在安撫后宮，朱載坖南巡，李皇后肯定是要留在京師的，畢竟太子還小，需要他照顧，李皇后對此很不滿，上次朱載坖去南京，因?yàn)槭腔首樱质侨マk差，肯定不能帶著當(dāng)時還是裕王府的李氏去的，現(xiàn)在朱載坖都登基了，這次巡幸南京，還是不能帶李皇后，李皇后雖然知道是因?yàn)樘舆€小的原因，但是也是覺得有些悶悶不樂的。

朱載坖只能來哄一下李皇后，朱載坖說道：“過幾年等釴哥兒大些了，朕再次巡幸南京的時候，皇后就能隨駕了?！?

李皇后說道：“陛下這是什么話，這不是說臣妾有怨望之心嗎！”

朱載坖趕緊否認(rèn)三連，朕沒有，朕不是，別瞎說，是自己感覺有些愧疚，所以才主動提出的，李皇后這才笑笑說道：“臣妾豈敢逼迫陛下，只是陛下記得才是，君無戲言！但是陛下這次南巡，帶哪位妃子去呢？”