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京通倉的儲糧被盜賣近四百萬石，這事可不是小事，在朱載坖的嚴令之下，三法司和廠衛(wèi)開始嚴審涉案的這些人員，要求他們退出贓款，朱載坖可沒有這個耐心，直接下令將涉案的小吏、奸商、官員全部抄家，男丁遣戍，女的送教坊司，他們是太平日子過久了，不知道廠衛(wèi)是干什么吃的了。

當然也有部分官員認為朱載坖這次誅戮太過，上疏勸諫朱載坖，認為圣君治國，應以仁恕為本，要求朱載坖對這些人予以寬大處理，對于這些奏疏，朱載坖只是御批了一句，卿當太祖成祖時上此疏也！

有種你在朱重八和朱老四在位的時候去說這件事，看他們賞不賞你。

不僅如此，朱載坖很清楚，他們貪墨的遠遠不止四百萬石的儲糧，歷年以來他們貪墨之數(shù)，不知道是多少倍于四百萬石，不僅僅如此，倉場中的一些弊端也在嚴查之下被暴露出來。

在整個漕運的過程中，受盤剝最重的就是運軍，運軍到達張家灣時，當?shù)靥O(jiān)則強行給予他們布囊，讓他們裝米運 上太監(jiān)所造的剝船剝運糧食，并趁機索要錢財。在各閘壩剝運時，因有經紀把持，如果不交納足夠的錢財，則故意拖延刁難。在京通二倉，從官吏直到軍斗諸役，留難需索，蠡弊多端。

在這種情況下，運軍大量逃亡，漕運難以為繼，各地漕運官軍起運漕糧抵達京通后，飽受各級官吏的勒索，不得不窮其所有甚至借債，以滿足貪官污吏的苛剝從而完成漕運任務，大量的軍士因此破產逃亡。

根據(jù)王國光等人的調查，運軍繳納漕糧，有部司之投批，有科道之掛號，有倉庫之候收，各衙門逐一送驗，胥吏需索百端，守候常至半月。倉場附近還有大量被這些小吏豢養(yǎng)的流氓，他們三五成群，專恃倉場收放，以為營生，號為樓扒，或稱為光棍，或作為小腳等項名色，出入倉場，勢如狼虎，榨取人財。是以收放之際，被其攪擾。

朱載坖這次整頓倉場，連他們也一道抓捕了，朱載坖下令，其中民憤大，惡行深的，就地正法，其余的這些流氓，一律罰作苦役，去疏浚通惠河，保證京通倉漕糧的運輸。

當然，朱載坖在大刀闊斧的整頓倉場的時候，這幫人也不會坐以待斃的，不少漏網之魚開始在京城散布謠言，說朝廷已經無米發(fā)給京營士卒了，說京通倉是空的，一時之間流言四起，京城米價陡然上漲。

面對這種形勢，朱載坖一方面嚴令錦衣衛(wèi)、五城兵馬司在京城緝拿造謠生事的人，一方面從京通倉調運糧食，出粟平價，以紓民急，同時朱載坖還派人與李朝觀等人溝通，要求京師的糧商不準隨意漲價，作為回報，朱載坖會增加今歲開中鹽引的數(shù)額，在多種手段之下，盡管這次引發(fā)了一些波瀾，但是很快就被壓下去了。

而經過廠衛(wèi)的三法司的審理，此案也很快告一段落，在朱載坖要求嚴厲追贓的指示下，這次倉場弊案的追贓數(shù)字創(chuàng)下了大明的記錄，廠衛(wèi)抄家達到五百余家，籍沒的財產折合銀兩高達二百二十萬兩，還有從這些不法糧商手中追繳的儲糧一百九十萬石。