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朱載坖的詔書下達之后，立即引起了軒然大波，戶部首先就不同意，以戶部尚書劉體乾為首的戶部官員立即上疏，反對朱載坖這么大規(guī)模的恢復(fù)京操班軍和提升士卒的待遇，朱載坖即位以來，通過各種改革措施，確實大幅度提升了朝廷的財政收入，現(xiàn)在朝廷的現(xiàn)銀收入從嘉靖朝的二百余萬兩激增到現(xiàn)在的近七百萬兩，但是開支的增加也是極為明顯了。

開支增加最大的就是官俸和軍費了，朱載坖推行的各種加強朝廷對于地方控制的手段，增加的大量的官員和吏員，官俸的開支也是節(jié)節(jié)增加，軍費更是節(jié)節(jié)攀升，劉體乾等人認為，現(xiàn)在朝廷本來是無事的狀態(tài)，就應(yīng)該偃武修文，而現(xiàn)在軍費確是節(jié)節(jié)攀升。

前幾年朱載坖是大修九邊邊墻，在西南、西北用兵，九邊的京運銀每年高達二百八十萬兩，現(xiàn)在邊墻修整完畢，九邊的軍費也恢復(fù)到二百萬兩左右，朱載坖又要恢復(fù)京操班軍，增餉百萬，練兵十六萬，這個數(shù)字實在是太過于龐大了，雖然眼下朝廷財政還是能夠支撐的，但是這樣一來，朝廷財政又緊巴巴的了，劉體乾等人要求朱載坖減少軍餉，將朝廷的銀錢用在更加重要的地方。

朱載坖對于這些奏疏祭出了不報大法，一律留中不發(fā)，不予回復(fù)。

同時地方也開始以各種理由反對此事，山東都指揮劉青上疏稱：“軍衛(wèi)本為守護地方而設(shè)，今直隸天津、德州并鳳陽等 衛(wèi)官軍俱輪班京師操練，是以各處軍衛(wèi)空虛，倘禍生不測，何以臨敵？”

其他各地的都指揮、兵備等官員上疏也都是這番說辭，他們認為朝廷將大批的衛(wèi)所中的精壯之士抽調(diào)走了，會導(dǎo)致地方兵力空虛，無法鎮(zhèn)壓地方可能發(fā)生的變亂，要求朝廷考慮地方的實際情況，不要征調(diào)如此多的班操京軍到京師來。

對于這些上疏，朱載坖同樣采取不報的辦法，根本不加以理會，同時朱載坖命令練兵軍務(wù)處制定對于各都司衛(wèi)所京操班軍的制定懲罰措施，尤其是京操班軍士卒逃亡的懲罰，其實在嘉靖年間，就已經(jīng)制定了相關(guān)的措施，當(dāng)時的規(guī)定是：“少軍衛(wèi)所官員，以十分為率，不到二分以上，行撫按官提問住俸；五分以上，將掌印官提解來京究治；八分以上，提問降級，調(diào)發(fā)邊衛(wèi)。領(lǐng)班都司亦以十分為率，八分不完，參奏調(diào)用。”

朱載坖認為這個懲罰實在是太輕了，根本不能讓那些衛(wèi)所軍官們感到痛，必須加大懲罰力度，在朱載坖的親自干預(yù)下，重新制定了懲罰措施，朱載坖這次制定的懲罰措施，可謂是非常之嚴(yán)苛了，按照朱載坖的規(guī)定，以后京操班軍的缺員，不僅僅以實到人數(shù)作為考察標(biāo)準(zhǔn)，還要以士卒的質(zhì)量作為考察的標(biāo)準(zhǔn)。

班操京軍抵達京師修整十日之后，在京營校場舉行考核，以通過考核的士卒數(shù)量作為實到京操班軍士卒的數(shù)量，朱載坖規(guī)定，以十分為率，少一分，則該衛(wèi)指揮、都司都指揮等一干正印官奪職，少兩分，奪職、削籍永不敘用，少三分，不僅奪職，還剝奪世職，送衛(wèi)尉寺從嚴(yán)究治，少四分以上，斬立決，全家流放緬甸、哈密。