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對于朝廷官制，朱載坖主要是分為地方和中央兩部分，對于地方的官職調(diào)整又分為官員和吏員，對于吏員的調(diào)整主要是針對吏員數(shù)量的調(diào)整，朱載坖和戶部、吏部等商量之后，認(rèn)為應(yīng)該按照轄區(qū)的人口數(shù)量的多寡和經(jīng)濟的發(fā)展情況配置吏員。吏員改革的目的主要是為了加強朝廷對于吏員的管理和對于地方州縣的管理，從而減少之前的胥吏苛待百姓，架空官員的事情。

而對于地方官員的改革則是對于權(quán)力的分割，現(xiàn)在地方正印的權(quán)力過大，使得他們疲于應(yīng)付，大量的案件都要地方正印來審理，朱載坖認(rèn)為其實完全沒有必要，朱載坖認(rèn)為將司法權(quán)從地方州縣衙門正印的手中剝離開來，避免這些州縣正印權(quán)力過于集中。

所以朱載坖朱載坖在和內(nèi)閣輔臣、六部尚書、都御史等重臣商討之后，認(rèn)為從縣到州府，都應(yīng)該設(shè)置推官，用以管理地方的州縣的司法案件，同時在州府，由通判負(fù)責(zé)管理這些推官們，專門負(fù)責(zé)管理地方州縣的治安和司法，巡檢司抓獲的各類人犯，也要送推官處審斷。

同時在省一級，一樣設(shè)立復(fù)議審核機關(guān)，令大理寺在各布政使司設(shè)立分司，百姓將案件上告到按察使司之后，如果百姓對按察使司的結(jié)果不滿的話，可以直接到大理寺分司要求復(fù)審，而和朝廷派往地方的巡按御史一樣，大理分司屬于欽差性質(zhì)，分司長官由大理少卿兼任。

為此，朱載坖還和禮部、國子監(jiān)商議，在科舉中恢復(fù)明法科，在國子監(jiān)亦設(shè)立明法科，明法科出身的進(jìn)士給同進(jìn)士出身，分配到各州縣擔(dān)任推官，升遷也主要在法司系統(tǒng)中完成。

朱載坖下達(dá)詔令，自隆慶十一年正月初一日起，各地府州縣正印不再受理地方案件，改由推官負(fù)責(zé)，形成縣尉負(fù)責(zé)治安、偵查，管理巡檢司，縣推官負(fù)責(zé)初審，府州由同知管理各縣縣尉及巡檢司，通判管理推官，負(fù)責(zé)二審，而到了省一級，則是形成了由大理寺分司和按察使司分管復(fù)核和通省治安的局面。

當(dāng)然，如果對于大理寺分司的結(jié)果還不滿意，百姓就可以進(jìn)行京控，也就是俗稱的告御狀，朱載坖取消了之前對于京控的種種限制措施，同時將順天府受理京控的權(quán)限予以取消，朱載坖只規(guī)定，必要要經(jīng)過大理寺分司審斷或向巡按御史舉報之后仍舊不服的，才能夠進(jìn)行京控，但是一旦百姓進(jìn)行京控，各地方官不允許截拿，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)，正印立即罷官削籍，永不敘用。

同時，規(guī)定京控的接受衙門僅為刑部、大理寺和都察院，到其他衙門京控的，一律不予受理，將人員和訴狀送三法司受理，對于京控案件，三法司必須單獨處理、單獨匯報，不允許混雜在其他案件中想朦朧過關(guān)，每月要將各衙門受理的京控案件、處理情況等整理成冊上奏內(nèi)閣，由朱載坖親自查閱。

而張居正還建議，將地方推官單獨設(shè)立官署，用以審判案件，這個建議也得到了朱載坖的認(rèn)同，命令各州縣要為推官單獨設(shè)立官署，不與州縣衙門在一起，以便推官的審斷不受正印官的影響。