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在朱載坖的謀劃當中，練兵處主要負責對軍隊的日常訓練等事務(wù)，還有新組建的各種有關(guān)軍事的學堂，軍器、兵工還有造船等行業(yè)，而更加重要的是軍務(wù)處，這是朱載坖準備重新整頓大明官軍指揮系統(tǒng)的開始。

朱載坖認為，大明對土蠻用兵是絕密之事，為了保證軍情傳遞順利和消息不泄露，朱載坖設(shè)立軍務(wù)處，在武英殿辦公，任命內(nèi)閣輔臣、五軍都督府左都督、勛臣中的知兵之臣、兵部、戶部、禮部、理藩院、太仆寺等相關(guān)衙門的堂官為參贊軍務(wù)大臣，有關(guān)對土蠻用兵的事情，直接在軍務(wù)處討論，任命首輔高拱為領(lǐng)班軍務(wù)大臣兼會辦軍務(wù)處，英國公張溶、蘿川侯馬芳、順寧侯俞大猷、哈密伯李成梁為協(xié)辦軍務(wù)大臣，負責處理練兵軍務(wù)處的日常事務(wù)。

同時有關(guān)土蠻的各種密報、情報、奏疏也不通過通政司奏進，而是直接由五軍都督府接受這些奏疏，在直接向朱載坖呈遞，避免消息走漏。

而軍務(wù)處的運行模式也和一般的他們不同，平時由五軍都督府的都督們辦公值守，負責為內(nèi)閣、朱載坖提供軍務(wù)方面的建議，遇有和土蠻有關(guān)的事情，就召開軍務(wù)大臣會議，由會辦、協(xié)辦大臣主持，所有的軍務(wù)大臣參與，商討方案之后上奏朱載坖，由朱載坖御批執(zhí)行即可。

雖然朱載坖說的好聽，這是因為要對土蠻大規(guī)模用兵，才臨時設(shè)立的機構(gòu)，但是汪道昆很清楚，一旦這個練兵軍務(wù)處成立之后，就不會是一個臨時機構(gòu)了，即便是土蠻的戰(zhàn)事結(jié)束后，朱載坖也絕不會撤銷這個機構(gòu)的，汪道昆很清楚，朱載坖就是要用這個機構(gòu)將原本屬于兵部和內(nèi)閣的指揮權(quán)全部上收，由這個所謂的練兵軍務(wù)處負責。

當然朱載坖也深知，還是要安撫一下兵部的，兵部對于后勤、馬政還有武官推選的權(quán)力仍舊不便，尤其是對于軍政的管理，仍舊是兵部的大權(quán)，同時對于全國的驛站，兵部也仍舊管理，朝廷還會加大投入，增加驛站和馬匹，還有道路的規(guī)劃興建，兵部也有權(quán)力向工部提出建議。

在朱載坖的規(guī)劃中，兵部將逐漸變成一個軍政機關(guān)，主要負責后勤的籌措、武官的任用與考選、馬政、軍工、軍器的管理，兵員的招募與清退、地圖的測繪印制等事項，這些事務(wù)都將由兵部負責，但是涉及到軍令指揮，則與兵部無關(guān)，在地方有提督、總兵為前敵指揮員，在朝廷有五軍都督府和練兵軍務(wù)處直接對朱載坖負責，即便是內(nèi)閣、兵部也無權(quán)插手，只能發(fā)表建議。

對于朱載坖的這個想法，汪道昆也只能接受，但是安頓好了汪道昆之后，協(xié)理京營戎政兵部左侍郎王崇古也上疏認為朱載坖設(shè)立練兵軍務(wù)處的決定不妥，朱載坖當然知道王崇古為什么反對，因為一旦設(shè)立練兵軍務(wù)處之后，就相當于給他這個協(xié)理京營戎政上面弄了一個太上皇，這就會使得王崇古很痛苦，歸根到底都是為了權(quán)力。

朱載坖沒有理會這些事情，對于這些奏疏一律不報，他繼續(xù)對大明的指揮體系進行自己的調(diào)整，原本九邊各鎮(zhèn)的奏疏也是通過通政司進奏的，這里面要經(jīng)過通政司和六科的檢查、發(fā)抄等工作，經(jīng)手的人增加，就會導致軍情的泄露，朱載坖認為軍情信息不同于其他的奏疏題本，保密是首要的事情。