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朱載坖就不信了，自己手握五十萬兩巨資，還整不出來一支像樣的水師。朱載坖和俞大猷等人商量了起來，先拿出二十萬兩，十萬兩用于整頓船廠和修造各種快船，另外撥付十萬兩，用于直接用民間采購福船和廣船，充實浙直水師。

同時，針對浙直水師分散的現(xiàn)狀，朱載坖認(rèn)為應(yīng)當(dāng)設(shè)立提督浙直等處水師軍務(wù)總兵官事兼領(lǐng)海盜、緝私這一職務(wù)，將浙直兩地的水師都集中起來使用。

快船、小船，用以近海防御，遠(yuǎn)洋福船、廣船用以遠(yuǎn)海巡弋，防備倭寇。朱載坖的本意是集中浙直的水師，統(tǒng)一使用。

但是戚繼光和俞大猷都不同意這樣的做法。原因也很簡單，現(xiàn)在水師地位低下，盡管按照朱載坖的設(shè)置，這個提督浙直軍務(wù)，也是總兵，但是在戚繼光等人看來，這個水師提督的成色，是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如鎮(zhèn)守一地的總兵重。

同時，現(xiàn)在大明水師的任務(wù)還僅僅是在近海掃蕩倭寇，沒有遠(yuǎn)洋作戰(zhàn)的需求，由于現(xiàn)在的通訊手段，提督兩地水師，根本沒有辦法作出迅速的反應(yīng)。

這點確實是個問題，不過朱載坖要做的是將水師獨立成軍，加強水師的地位，所以朱載坖和兩位總兵商量了之后，決定在浙江和南直隸將所有的水師編為一協(xié)，稱為南直隸、浙江鎮(zhèn)左協(xié)，本來按照朝廷規(guī)定，一協(xié)的主官是副將，但是朱載坖為了加強水師的地位，水師左協(xié)都有由總兵兼任。

這樣的話，總兵的權(quán)力就大為增加了，除了總兵直轄的中軍和中協(xié)外，還將水師也直接納入鎮(zhèn)守總兵的管轄范圍。

同時朱載坖還要求俞大猷等人制造五十條萬石以上載重的沙船，用以運送軍糧等物。同時也是試辦漕糧海運的準(zhǔn)備。

和兩位總兵談完之后，朱載坖回頭準(zhǔn)備向嘉靖上密疏。

在密疏中，朱載坖詳細(xì)說明了自己最近的各種行為，同時將自己的看法對嘉靖闡述了一下。

朱載坖認(rèn)為現(xiàn)在海禁還是必須的，原因也很簡單，即便是現(xiàn)在大明開放海禁，朝廷也無法從中獲利。大明現(xiàn)在的情況，連個商稅都征收不到，還談什么關(guān)稅呢？所以一旦真的放開海禁，得利的絕對不會是朝廷，而是這些依靠走私賺取巨額利潤的黑心商人。

朱載坖所以建議，在朝廷沒有建立起可靠強大的水師之前，堅持海禁，同時與王直合作，通過王直由朝廷直接賺取貿(mào)易的巨額利潤，利用王直剿除倭寇，打擊其他的走私商人，給朝廷發(fā)展水師贏得時間。

對于王直其人，朱載坖認(rèn)為他身上的商人氣息十分濃厚，現(xiàn)在看來還是可以利用的。只要大明抓住機會發(fā)展水師，官軍水師對王直的船隊構(gòu)成壓倒性優(yōu)勢，王直絕對不敢起什么異心，能夠為大明所用。